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打电话时对方有短信回复，意味着在接电话之前或通话过程中，对方收到了与你的通话请求相关的短信，并选择以短信的形式进行回应。这种情况可能包含多种含义，具体需要结合你们之间的对话内容和背景来理解。
1、对方可能在接电话前看到了短信，并决定通过短信回复而不是电话来回应，这可能是因为他们觉得短信内容更为简洁明了，或者他们正在忙其他事情，不方便接电话。
2、在通话过程中，对方可能会收到一些与通话内容相关的短信，于是选择通过短信回复来告知你某些信息，这可能是因为短信提供的信息更为详细或准确。
无论哪种情况，对方的短信回复都是基于你们之间的对话或交流需求做出的反应，如果你不确定短信的具体含义或为何对方选择这种方式回应，可以进一步询问对方，以确保沟通顺畅和理解准确。